Sakura Kinomoto est une fillette de 12 ans menant une vie tout à fait normale. Mais un jour, elle est attirée par un bruit dans la bibliothèque de son père, en cherchant l'origine du son, elle trouve un mystérieux livre "Le livre de Clow", qu'elle ouvre par accident. Elle laisse alors s'échapper accidentellement toutes les Cartes de clow qui s'y trouvaient. Par sa capacité à ouvrir le sceau du livre, Sakura découvre qu'elle possède des pouvoirs spéciaux et il est de sa responsabilité de récupérer les cartes dispersées. Elle devient donc la Chasseuse de Cartes (Card Captor).

Sa tâche consiste à retrouver chaque cartes, à battre sa personnification, à la capturer et à la marquer de son nom afin de pouvoir la soumettre. Elle est secondée par Kerobero (ou Kero ), le gardien du sceau qui devait protéger les cartes, mais qui s'était endormi lorsque Sakura a ouvert le livre de Clow (Il faisait une "petite sieste" de 30 ans). Kero, qui ressemble à un jouet en peluche dans la majeure partie de la série (sa forme "empruntée"), guide Sakura et lui apprends, dans le premier épisode, comment se servir de la clé du sceau qui lui permet de se battre et de capturer les cartes de Clow.

Les six premiers volumes du manga, ainsi que les deux premières saison de la série animée sont focalisées sur la recherche et la capture des cartes perdues par Sakura. Kerobero devient son guide et mentor au cours de cette quête, tandis que sa meilleure amie Tomoyo Daidōji (qui est aussi une cousine éloignée) dessine tous ses costumes de chasseuse de cartes et filme ses aventures. Sakura est en compétition pour la capture des cartes avec Shaolan Li, le descendant du créateur des Cartes de Clow, Clow lead.

La dernière moitié du cycle des cartes de Clow se termine avec "le jugement final", dans lequel Yue juge si celui ou celle choisi par Kerobero est digne de devenir le nouveau maître des cartes.